羁縻卫所，以行都司管理，还有土县、土州、土府的设置，所以特别的混乱，正式因为这种混乱，所以导致了目前在厘清边疆地区管理问题时相关部门间产生了矛盾。
朱由崧沉吟片刻，说道：“说说理藩院的方案！”
钱位坤便报告道：“以为，目前朝廷无力对各地土司进行改土归流，如此就当继续保留土官，以稳定边疆，当然，并不是所有土司都要维持旧有称呼，理藩院以为，可以将宣慰司和宣抚司改为土府，土府当隶属于道，以招讨司、安抚司改为土散州，土散州应该隶属于府和直隶州或军民府、军民直隶州，长官司、蛮夷长官改为土县，一样隶属于府、军民府、直隶州、军民直隶州！”
目前除了新设的万全行都司和尚没有收复的陕西行都司（河西走廊）外，根据朱由崧的旨意，其余的行都司、指挥使司都改成了军民府和军民直隶州，甚至部分因为西南兵火而大受涂炭的西南土司也改造成了军民府和军民直隶州，但这些地区内依旧存在着根深蒂固的土司势力，所以，理藩院的意思很明确，即在没有实力进行彻底改土归流前，尽可能的在保留原样的基础上，实施划一。
朱由崧问钱位坤道：“宣慰使、宣抚使的品阶高于知府，招讨使、安抚使的品级高于直隶州知州，长官司和蛮夷长官司两级也比知县要高，如此降等，各土司不会不满吗？”
钱位坤答道：“土司的官品本就是空衔，只能在参加会议时定位次，如何能与国朝正经官员相提并论，臣说难听一点，一个三品宣慰使面对一个国朝正经的七品小官也要点头哈腰，所以只是名号的改变，臣以为各地土司不会因此不满的；更何况，朝廷还赐予了郡爵，已经算是补偿了这些土司了。”
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朱由崧起身在室内走了几步，质疑道：“改成土知府、土知州、土知县有什么用，任职的还是这些人，岂不是换汤不换药？”
钱位坤应道：“臣以为还有区别的，必要时可以职爵分离，并借此分化土司内部！”
理藩院在改土归流方面的设想是，先把具有更多独立性的宣抚司等变成受到上级流官制约的土府、土州和土县，进而彻底将其等?确???缓笤俪蜃际被???确?了镜哪诓恐圃烀?埽?丛旄耐凉榱鞯幕?幔???迪指耐凉榱鳌
朱由崧问钱位坤道：“吏部与理藩院的分歧在哪里？”
钱位坤答道：“吏部认为应该在各道设立理藩院分院，统管土府、土州和土县，而不是分级管理，在道、府、县三级都设置理藩院机构！”
朱由崧听明白了，这是吏部觉得要减少官员数量，而理藩院却想扩大自己的影响力，而进一步来说的话，则是两个部门在地方官制改制方案正式定稿前的一次较量。
朱由崧没有立刻做出决定，他要跟军机处再商量一下，才能决定采纳谁的方案，所以，朱由崧便跳过这个话题，问钱位坤：“先说第三件事吧。”
钱位坤不敢逼迫朱由崧做决定，便应道：“这第三件事是······”
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