抵制改革，当地的多数将领视军队为私产，使得军队的战斗力低下，这也为日后帝国陆军的分裂埋下了祸根。
海军方面，改革推行以后，海军部正式接管了对于帝国水域所有舰船、军用港口和官兵的管理，因为明朝海军的最基本统计都没做过，所以海军部由张子云主持，组成了一个由雷斯卡、林镇远、邓昭为首的海军调查委员会，他们耗费了大半年，调查了大量的资料数据，为帝国海军的建设提供了第一手资料，根据海军调查委员会的报告，天启三年，海军部公布了帝国海军建设大纲，海军部计划在未来的五到十年内，在旅顺、威海卫、登州等地建立帝国本土舰队港口，舰队任务范围包括辽东、山东、朝鲜以及日本海域，在松江、基隆建设帝国东海舰队港口，舰队任务范围包括浙江、台湾以及协助南洋和本土舰队行动；在广州、吕宋张家坡等地建设帝国南海舰队以及港口，其作战范围包括南洋、东南亚以及远海地区。
海军调查委员会的报告中还提出了建设战列舰的计划，这项计划得到了海军部的赞同。
相对于陆军方面，因为明朝的中央政府对于海军的情况一窍不通，而明朝原有的水军也残次不全，所以阻力少了很多，张子云一手组建的登州舰队成为了帝国海军的核心力量。
天启四年，帝国本土舰队正式在旅顺升起司令旗，第一任舰队司令为林镇远海军中将，舰队司令部设在旅顺，舰队下设登州分舰队、琉球分舰队，控制着北部中国沿海、朝鲜以及日本海域的制海权，全舰队拥有战列舰、巡洋舰、炮舰以及其他辅助舰只。
同时建成的还有南海舰队，由于西班牙对于整个南海以及东南亚地区的威胁日益严整，为了保卫帝国以及帝国在该地区的附属国，南海舰队得到了自天启三年就开工建造的大量水面舰只，其第一任总司令为邓昭海军中将，同样也是一位杰出的海军将领，他曾在对倭国的海上战争中有着杰出的表现，他的后代中亦有在第一次世界大战中赫赫有名的邓世昌海军上将。
南海舰队建成之后，其首要威胁就是来自于部署在吕宋地区的西班牙殖民者，为了保护这一地区大明百姓的安全以及这一地区附属国家人民的自由，双方的冲突几乎无法避免。
天启时代的海军建设直接带动了整个帝国造船业的迅速发展，帝国海军也成为联系帝国本土与海外各殖民地、附属领域的重要枢纽，这也为了最后帝国的建立奠定了坚实的基础，但对于天启时代的海军来说，他们还有最后一个坎没有过去，对于帝国海军来说，这是他们走向辉煌后所要承载的最后一个沉重的枷锁。
天启时代是一个充满着变革的时代，天启时代对于军队的变革正是这个时代的缩影之一，在面对极为复杂的内外形势之下，张子云这位帝国军队的奠基人所展示出来的变革精神也成为了帝国军队的内核之一，这种精神传统也成为帝国军队一直是这个世界上最为强大的武力之一的原因。
到天启五年正月间，帝国军队已经初露狰容，他们已经随时准备好为了帝国而战了。
——选自《兴衰三百年——联合帝国军史》
第三卷附录二：天启时代的帝国军队[2/2页]